Înfiinţarea Facultăţii de Protecţia Mediului a avut loc în anul universitar 1993-1994, fiind găzduită la început de clădirea din str. General Magheru nr.26, în care a funcţionat anterior Liceul Industrial Agricol Oradea. Astăzi, activitatea de instruire practică a studenţilor şi masteranzilor se desfăşoară într-un număr important de locaţii de pe raza judeţului Bihor, Arad şi Satu Mare cu centre specializate de practică pe domeniu.

La înfiinţare, facultatea a cuprins specializările Agricultură, Horticultură şi Ecologie. În anul universitar 1994-1995 la acestea se adaugă specializarea Silvicultură, iar în anul 1996 şi alte specializări din domeniul forestier: Exploatări forestiere şi Prelucrarea lemnului.

Având în vedere importanţa evaluării impactului schimbărilor naturale  şi a activităţilor antropice asupra mediului, s-a considerat necesară punerea bazelor tehnologiei inginereşti în probleme de mediu, astfel că în locul specializării Ecologie, în anul 1996 se înfiinţează specializarea Ingineria mediului, a cărei denumire s-a modificat pe parcurs în Ingineria sistemelor biotehnice şi ecologice.

În anul 2000 au pornit primele cursuri ale specializării Zootehnie, la care s-au alăturat la începutul anului universitar 2002-2003 două specializări din domeniul industriei alimentare: Controlul şi expertiza produselor alimentare şi Tehnologia prelucrării produselor agricole. În anul universitar 2003-2004 a început funcţionarea unei noi specializări: Ingineria şi Managementul în Alimentaţie Publică şi Agroturism.

Paleta specializărilor Facultăţii de Protecţia Mediului din cadrul Universităţii din Oradea cuprinde astăzi un număr de zece alternative pentru actualii şi viitorii studenţi. Specializările noastre sunt acreditate sau autorizate de Ministerul Educaţiei şi Cercetării şi sunt în măsură să asigure pregătirea unor specialişti capabili să răspundă la toate cerinţele ridicate de realizarea unei dezvoltări durabile a agriculturii, silviculturii, industriei forestiere şi alimentare în partea de vest a României.